幾乎所有的原水都含有微生物，但零星的微生物未形成菌落，并不構成微生物污染的威脅。引起反滲透膜的生物污染的因素不是孤立的，涉及因素很多，如水源、溫度、季節(jié)、處理方式、運行條件、膜的化學成分、膜的表面狀態(tài)以及隔網(wǎng)尺寸、形狀、預處理、管路設備連接結構等。以地下水為水源的反滲透系統(tǒng)在膜表面產(chǎn)生微生物是近來出現(xiàn)的一個新問題。通常認為，就反滲透給水處理而言，只對地表水才需采取生物殺菌處理。但近來頻頻發(fā)現(xiàn)來自地下的原水對膜的污染，甚至在含有游離氯的條件下還存在生物膜，即使增大余氯量，也對之無影響。預處理系統(tǒng)被污染后往往成為反滲透膜生物污染源之一。預處理系統(tǒng)被微生物污染后，不易得到徹底、有效的清洗，即使反滲透膜經(jīng)清洗后，又會被來自預處理的污染物所污染，甚至 2-3 天就要清洗一次。 

       反滲透膜表面和給水流通隔網(wǎng)上的污染相互影響。當膜的水通量不是很高，給水流速較低時，細菌群落棲息于隔網(wǎng)上而形成粘泥，隔網(wǎng)阻力便會增大，使細菌進一步在膜表面發(fā)展。當膜的水通量過高時，細菌群落便會沉落于膜上，菌落也會逐漸沉積于隔網(wǎng)上。兩種情況均會使給水通路減小，壓降升高，產(chǎn)水量下降。